Inició el 29 de enero de 1888, asumiendo la administración de tres servicios importantes para la ciudadanía, como son el Hospital General, hoy Luis Vernaza, del Manicomio Vélez hoy Instituto de Neurociencias y del Cementerio General.
Su patrimonio heredado y el voluntariado de los guayaquileños permitió que la Junta extendiera sus servicios y construyera otras edificaciones para ampliar la atención; y es así como actualmente maneja 4 hospitales, 2 unidades educativas, 1 hogar para adultos mayores, dos hogares para niñas de escasos recursos económicos, dos cementerios y la Lotería Nacional, de donde proviene parte de los recursos que necesita para autofinanciar la asistencia social que realiza con las personas carentes de recursos.
Pese a las dificultades económicas por las que ha atravesado a consecuencia de las deudas con el MSP y el IESS, que pudieron llegar a poner en riesgo la continuidad de su atención, la Junta ha doblado esfuerzos para continuar con el propósito para el que fue creada hace 132 años.
Sus hospitales: Luis Vernaza, de niños Roberto Gilbert, Alfredo Paulson e Instituto de Neurociencias, se caracterizan por la calidad, profesionales y equipamiento con tecnología de punta para atender con una alta capacidad resolutiva, casos de mediana y muy alta complejidad en cada una de sus especialidades de atención.
Son hospitales de referencia nacional que gozan de la confianza de otras instituciones de salud pública y privada para la atención de los pacientes. El Luis Vernaza, se destaca por la atención integral en las áreas de cardiología donde cuentan con procedimientos innovadores como la crio ablación para el tratamiento de las arritmias y otros procedimientos de complejidad en patologías cardiacas; la unidad de trasplantes de órganos y tejidos que en una década de trasplantes ha realizado un total de 346 trasplantes, de los cuales 249 fueron de riñón, 9 de córneas y 88 de hígado; además de 1700 trasplantes de tejidos. El 8 de enero recibió de parte del INDOT la acreditación para realizar trasplantes de corazón.
En la pediatría, el hospital Roberto Gilbert lidera la especialidad de la unidad de cardiología y cardiocirugía pediátrica, que desde el 2013 hasta la fecha ha operado a más de 1500 niños, inclusive neonatos de muy bajo peso que nacen con cardiopatías congénitas complejas. Se realizan cirugías de escoliosis, trasplante renal, implante coclear y cuenta con todas las especialidades pediátricas.
Mientras que el hospital Alfredo Paulson se enfoca en la atención de la mujer en sus diferentes especialidades clínicas; y el Instituto de Neurociencias que ha implementado diferentes servicios para la atención integral de la salud mental.
Sus unidades educativas José Domingo Santistevan y Santa Luisa de Marillac en las que se forman un promedio de 2500 estudiantes, están a la vanguardia de la tecnología en la educación. Sus estudiantes aprenden en pizarras inteligentes, tablero virtual, modernos laboratorios de enfermería, química, biología, inglés y también robótica.
Brinda asistencia social a más de 200 niñas de muy escasos recursos económicos a través de sus dos hogares Calderón Ayluardo en Guayaquil y Manuel Galecio en Alausí, a quienes les brinda una atención integral, que incluye desde el hospedaje hasta la educación y atención de salud.
Mientras que en el Hogar del Corazón de Jesús se les brinda atención a 298 adultos mayores, de los cuales el 71% reciben subsidios de la Junta para su atención.
Durante el 2019, la Junta de Beneficencia de Guayaquil benefició a 1373 ecuatorianos con capacidades especiales, de los cuales 1029 recibieron sillas de ruedas y 334 recibieron implementos de movilidad (muletas, bastones, coches pet, caminadores, bastones guías para no videntes)
