El Hospital Civil de Caridad de San Juan de Dios sufre el incendio de 1902, lo que obliga a la Junta de Beneficencia a crear una nueva edificación de emergencia. El nuevo hospital es inaugurado en 1904 al pie del cerro del Carmen como una nueva estructura médica moderna, es el Hospital General de Guayaquil. Años después, el Hospital General es titulado “Luis Vernaza” por quien se desempeñó como Director de la Junta de Beneficencia de Guayaquil y en el año 1989, el Hospital es reconocido como Patrimonio Cultural del Ecuador. El Hospital Luis Vernaza de la Junta de Beneficencia, siempre ha sido escuela de servicio y abnegación, cumpliendo con los más altos estándares de calidad y humanidad hacia toda la población del Ecuador; siendo además la cuna de formación de grandes especialistas.
Es uno de los primeros Hospitales del Ecuador en realizar trasplantes de órganos debidamente acreditados por el INDOT. En el 2009 se creó la Unidad de Trasplantes y Banco de Tejidos que actualmente cuenta con los siguientes programas de trasplante: Programa de Trasplante de Corneas, de Trasplante Renal con donantes vivos y cadavérico, programa de trasplante Hepático, Cardiaco y Banco de Tejidos.
Cuenta con el más moderno Centro de Diagnóstico por Imágenes con tecnología de punta, Laboratorio Clínico - Biología Molecular y con nuestro Servicio de Hematología y Medicina Transfusional, sobre la donación de plasma, para los pacientes con COVID-19
Desde el inicio de la pandemia que estamos atravesando, todo el hospital se preparó para enfrentarla de la mejor manera, formando equipos de trabajo multidisciplinarios con los mejores especialistas y desarrollando protocolos para recepción, atención de emergencia, cuidado del personal de salud, diagnóstico y tratamiento de pacientes con COVID-19. Nos ha permitido poner más énfasis en otros tipos de procedimientos como plasma de convalecientes, terapia Ecmo, nuevos retrovirales, tratar de evitar que los pacientes entren a respirador y ofrecer otras terapias en lo que se refiere a pacientes covid. La organización siempre ha estado dispuesta ayudar como se lo hizo en la época pico de la pandemia, siempre al servicio de los más necesitados de todo el país.
Con el objetivo de continuar brindando atención en las diferentes especialidades médicas, el hospital incorporó la telemedicina, lo que permitió que los pacientes recibieran atención sin exponerse al riesgo de contagio, especialmente para aquellos con problema de movilidad y de vulnerabilidad.
A lo largo de estos 4 siglos y medio de creación, el hospital Luis Vernaza ha cambiado en muchos aspectos; se ha modernizado, se ha especializado en atender casos de alta complejidad, ha implementado nuevos servicios y tecnología para brindar mejor atención a los pacientes, se ha convertido en un hospital de 3er nivel de referencia a nivel nacional y con reconocimiento internacional, pero lo que no ha cambiado es la mística de trabajo en equipo y calidad humana en su atención.