Fue creada en 1888 con el objetivo de velar por la salud de los ecuatorianos, pero las necesidades de la ciudadanía demandaron que amplíe su acción social y asistencial, principalmente a los sectores poblacionales mas vulnerables de la sociedad.
Sus 4 hospitales: Luis Vernaza, de niños Roberto Gilbert, de la Mujer Alfredo Paulson y el Instituto de Neurociencias, atienden a personas de todo el país, en sus diferentes especialidades. En el 2018 brindó un promedio de 4 millones de atenciones médicas a niños, adultos y adultos mayores.
En ellos, se destaca el equipo humano especializado, así como sus equipos tecnológicos en los laboratorios clínicos y de biología molecular, el Centro de Imágenes por Diagnostico, la Unidad de Trasplantes, la Unidad de Quemado en el Luis Vernaza; la Unidad de Cardiología y Cardiocirugía para el tratamiento de las cardiopatías congénitas de los más pequeños, la unidad de quemados en el Roberto Gilbert; así como sus laboratorios y centro de imágenes.
Mientras que, en el Hospital de la Mujer, se especializan en la atención y cuidado integral de la salud femenina, en todas las etapas de la mujer. Y el Instituto de Neurociencias se dedica a la atención de la salud mental. En el también se destaca la Unidad de Conductas Adictivas con capacidad para 90 personas, entre hombres y mujeres donde se especializan en el manejo de las personas con problemas de adicciones.
La atención de niñas y jóvenes que se forman académicamente, y en principios y valores a través de sus dos unidades educativas: Santa Luisa de Marillac y José Domingo de Santistevan, donde sus estudiantes reciben una educación con metodología a la vanguardia de altos estándares educativos, lo que se ha visto reflejado en los reconocimientos internacionales y locales recibidos; así como los logros obtenidos por sus estudiantes que los ha llevado a representaciones internacionales, como el más reciente de la estudiante que viajará a Bielorrusia al torneo Matemático Europeo en representación de Ecuador. Durante el 2018, en sus dos unidades educativas se han formado un total de 2.315 estudiantes, desde el periodo inicial hasta el bachillerato.
La atención gratuita a niñas de escasos recursos económicos a través de sus dos hogares: Calderón Ayluardo en Guayaquil y Manuel Galecio en Alausí, ha permitido que, en el mismo año, se beneficien 166 niñas de entre 5 y 17 años, provenientes de diferentes partes del país. A ellas, la Junta les brinda una beca integral que comprende darles la educación, hospedaje, alimentación, atención de salud y vestimenta.
Los adultos mayores, también son atendidos por la Junta. Para ellos, está el Hogar del Corazón de Jesús, donde residen 318 hombres y mujeres de la tercera edad; una gran parte de ellos, son subsidiados por la Junta que asume los costos que genera su atención y cuidado.
El modelo de atención de Envejecimiento exitoso que maneja el Hogar del Corazón de Jesús ha hecho que se abran nuevos servicios para su atención; uno de ellos, es Los Robles, destinado para brindar cuidado y alojamiento de manera temporal sin que estos se desvinculen de su núcleo familiar.
Y sus cementerios, el Patrimonial y el Panteón Metropolitano que ofrecen los servicios exequiales para las diferentes necesidades.
La atención social a nivel nacional se ha visto reflejada en las 1569 personas que han recibido gratuitamente implementos de movilidad, como sillas de ruedas, muletas, andadores, bastones y otros.
La Junta de Beneficencia de Guayaquil, cumple 131 años con el reto de seguir avanzando para continuar sirviendo desde las diferentes áreas a los ecuatorianos.